Flora se încadrează în zona de silvostepă, a pădurilor de foioase (carpen, salcâm, răchită, arţar,), mai ales din cauza defrişărilor de păduri şi a inlocuirii vegetaţiei lemnoase cu cea ierboasă sau cu plante agricole. O extindere mare o are vegetaţia ierboasă, favorabilă creşterii animalelor. In interiorul satului ca şi pe terenurile agricole mai întâlnim: răchita, măceşul, păducelul, pelinul, trifoiul sălbatec, măzărichea, cicoarea, sânzienele, pojarniţa, rogozul, mohorul, traista ciobanului şi multe altele.
Fauna este influenţată de vegetaţie, care îi asigură hrană şi adăpost. Animalele sălbatice şi păsările ce populează aceasta zonă sunt: iepurele, vulpea, veveriţa, dihor, arici, cârtiţa, nevastuica; popândăul, hârciogul şi unele specii de păsări: mierlele, huhurezii, cucuvelele şi altele. Fauna este condiţionată de vegetaţie, care îi asigură hrană şi adăpost. Animalele sălbatice şi păsările ce populează această zonă sunt: iepurele, lupul, mistreţul, căprioara, vulpea, pisica sălbatică, veveriţa, jder, dihor, arici, cârtiţa, nevăstuica, popândăul, hârciogul şi unele specii de păsări: mierlele, huhurezii, pupezele, cucuvelele, bufnitele, ulii, prepeliţele, berzele, rândunelele. Dintre reptile: şerpi, şopârle, salamandre precum şi broaşte, peşti (clean, crap, cărpuşor).
Pe teritoriul comunei Ruginoasa se află aria naturală protejată ROSCI0424 Pădurea și Lacul Mărgineni instituită prin Ordinul ministrului mediului şi pădurilor nr.46/2016 privind instituirea regimului de arie naturală protejată și declararea siturilor de importanță comunitară ca parte integrantă a rețelei ecologice europene Natura 2000 în România.
ROSCI0424 Pădurea și Lacul Mărgineni este printre putinele situri desemnate pentru habitatele forestiere 91Y0 (Dacian oak & hornbeam forests – Păduri de carpen si diverse specii de stejar). Din punct de vedere faunistic este printre puținele situri desemnate pentru Emys orbicularis – Broasca țestoasă europeană de baltă. De importanță ridicată sunt și speciile: Lutra lutra, Myotis, Bombina si Triturus.
Vulnerabilitatea sitului constă în pierderea și distrugerea habitatului ca rezultat al activităților de agricultură, a suprapășunatului, a lipsei pășunatului, al activităților de exploatare forestieră, a dragării și drenării habitatului umed, al dezvoltării teritoriale, a circulației, al turismului necontrolat, depozitare de deșeuri menajere sau industriale.
